公认难度最高的时期是黄巾起义剧本的困难模式。这一阶段玩家需要面对资源匮乏、武将基础属性低下、敌方势力快速扩张等多重压力。尤其是选择张角势力时，初始兵力以黄巾军和尸兵为主，战斗力极弱，而敌对势力如卑弥呼的童子召唤能力在早期几乎无法正面抗衡。玩家必须通过精确的战术调度和资源分配才能突破困局，例如放弃初期城池、集中兵力突袭关键据点等非常规手段。
该剧本的核心难点在于时间窗口极短。若未能在前半年内完成关键武将的等级提升和装备获取，中后期会陷入敌方名将的碾压式围攻。部分专属兵种如斧骑兵的兵符需要特定事件触发，而早期缺乏侦查手段时容易错过关键道具。黄巾军的兵种特性决定了其无法通过常规阵地战取胜，必须依赖武将技的频繁释放和地形卡位，对操作精度要求较高。
战略层面需优先培养具备骁勇迅雷特性的武将，这类角色能在前期单挑中创造翻盘机会。但过度依赖单挑会导致中期士兵等级断层，因此需平衡练级节奏。资源管理上，夷洲等偏远城池虽易守难攻，但开发效率低下，玩家必须在风险与收益间谨慎抉择。部分玩家通过反复撤退触发士气惩罚机制来延缓电脑进攻，但这种做法会大幅延长游戏周期。
后期破局的关键在于快速获取杀气石追风白凰等高级装备，这些道具能弥补黄巾武将的先天劣势。同时需利用好仙人据点提供的属性加成，通过反复挑战提升关键数值。该剧本的胜利条件并非单纯统一全国，而是要在特定时间节点内完成对隐藏势力的压制，这种设计进一步放大了策略容错率的要求。
黄巾起义困难模式考验的是玩家对游戏机制的深度理解与极限运营能力。从兵种克制到武将特性搭配，每个决策都需精确计算时间成本，任何资源浪费或战术失误都可能导致连锁崩盘。这种高强度挑战也使其成为系列爱好者验证实力的经典剧本。
