帝国时代2中有多个战役因其高难度而闻名，这些战役通常需要玩家具备出色的资源管理、军事策略和多线操作能力，如萨拉丁战役的第六关狮子与恶魔是公认的难点，玩家需要在极短时间内应对多国联军的猛烈进攻，同时保护世界奇观不被摧毁。该关卡对防御布局和兵种调配要求极高，稍有不慎就会在敌方海陆夹击下迅速溃败。
成吉思汗战役的第三关进入中国同样颇具挑战性，玩家需要同时应对四个敌对势力的围攻。地图设计使得资源分布极为分散，而敌方会持续发动骑兵冲锋和攻城武器压制。关键在于快速建立海上优势并优先消灭特定敌人，但实际操作中常因资源短缺导致发展滞后。该关卡对经济转型速度和战术调整能力提出了严苛要求。
巴巴罗萨战役的第五关巴巴罗萨的行军以复杂的多阶段任务著称。玩家需带领有限兵力穿越敌对领土，期间不能补充单位损失，任何战斗减员都会影响后续推进。地图设计包含多个伏击点和狭窄通道，要求精确控制部队走位。决定版虽降低了海战难度，但陆上遭遇战仍需要精细的兵种克制和阵型保持。
黎利战役的第一关大越义军考验玩家的多线防御能力。在自身发展的同时，必须保护两个远离主基地的盟友据点，明军的进攻波次密集且兵种组合多变。有效策略是在盟友基地前置防御建筑，但资源调配和建造时机需要精确计算。该关卡特别强调对敌方进攻节奏的预判和应急反应速度。
匈奴王战役的第四关野蛮人的宴会和第六关罗马的陷落都采用了一对多的对抗模式。前者在击败首个敌人后会触发大规模反扑，后者则要求玩家同时阻止四个文明建造奇观。这类战役的共同难点在于如何平衡进攻与防守的资源配置，以及选择正确的优先打击目标。持久战中的经济续航和军事转型能力往往成为胜负关键。
