江南百景图中的船是连接各座城市、实现资源互通、人员调配与专属玩法收益获取的核心工具，也是推动城市发展、解锁特色内容的关键载体，主要承担跨城物资运输、居民迁移、扬州漕运、宁波商船与渔业四大核心功能，全面支撑城市建设与长期发展。
船最基础的作用是跨城资源运输，每座州府修复码头后即可解锁航行功能，通过主界面的州府印进入大地图，点击空闲船只就能选择目的地与运输物资，可运送蔬菜、木材、菜肴等各类基础资源与生产材料，解决新城市开荒资源匮乏、成熟城市产能过剩的问题。运输时需遵循人货分离原则，运送居民会额外增加航行时长，单独运输资源效率更高，同时要控制单次运输量，避免目的地仓库爆满导致船只滞留，只有清空船上物资，船只才能返航恢复可用状态，提升整体运输效率。
船只可实现特殊居民的跨城迁移，这是调配人力资源、高效建设新城市的核心方式，在运输界面中选择迁移居民选项，即可挑选高属性或专属能力的居民前往目标城市，让擅长理财的居民助力商栈经营，让制作属性突出的居民投入生产建筑，最大化城市发展效率。居民抵达后会自行下船，需手动分配房屋完成定居，新城市初期依靠高等级居民快速搭建基础建筑、提升产能，能大幅缩短开荒周期，让各城市的人力布局更合理，适配不同城市的发展定位。
扬州府的漕运船是特色经济玩法核心，通过漕运码头进入大运河界面，消耗司南获取通航步数，可在漕运航图中选择目标码头航行，触发资源补给、任务挑战等各类事件，获取玉器、油墨、联票等珍贵道具与大量铜钱。漕运获得的联票能在漕运商会兑换专属建筑、家具装饰，是扬州府发展经济、收集特色道具的关键，也为其他城市提供稀缺材料，形成跨城资源互补的循环，让漕运船成为推动江南整体经济运转的重要纽带。
宁波府的渔船与商船拓展了船只的玩法边界，渔船可出海捕捞渔获，为鱼干坊提供加工原料，鱼干则是商船出海的必备消耗品；商船通过市舶司出海完成经商订单，能换取营造工具、货集通宝等专属道具，用于升级商船、开拓宁波府新地块。渔船依赖农牧属性居民提升渔获产量，商船依靠探险、理财属性居民减少出海时间、增加收益，两者形成完整的产业链，成为宁波府发展的核心动力，也为玩家提供更多资源与道具的获取渠道。
