植入体是第二银河中提升指挥官能力的重要系统，通过安装在角色大脑不同区域的接口中提供静态属性加成或特殊技能强化。每个角色拥有8个植入体接口，分为顶叶区、颞叶区、额叶区和枕叶区四个区域，每个区域对应2个接口。植入体只能安装在对应接口中，玩家可随时更换或拆卸已安装的植入体，这些操作不会导致植入体损毁。植入体系统本质上是角色装配系统的延伸，可理解为舰船装配系统的补充，通过组合不同植入体，玩家最多可定制3套方案以适应不同舰船配置或作战环境。
原厂植入体是游戏内通过玩法奖励或商店直接产出的基础植入体，由克劳利、科尔森、卡巴拉和紫荆公司生产。这类植入体具备最基本的属性加成条目，但作为原始形态，其加成条目随机性较大，常包含多条互不相关的系统加成，因此难以通过原厂植入体搭配出针对性强的定制方案。原厂植入体品质普遍处于T1科技等级区间，多数情况下更适合作为植入体开发的原材料而非直接使用。开发定制功能位于空间站停机坪上方、科研右侧位置，每次开发需要三个低级植入体和一个更高一级植入体作为材料。
植入体的装配思路需结合指挥官发展方向进行规划。常见发展方向包括火力、重装、后勤、指挥、干扰和侦查等。火力方向建议所有位置携带对应武器加成植入体，强化武器伤害、冷却缩减、射程和暴击等属性。重装方向侧重抗性和护盾容量强化，顶叶和额叶区可选择核心系统强化增加抗性，颞叶区使用护盾容量强化，枕叶区选用护盾系统强化提升盾量。后勤方向分为投盾和投电两种路线，投盾路线需强化护盾投射量和冷却缩减，投电路线则侧重能量上限和投射量提升。
指挥官可根据实际需求调整植入体方案，但需注意不同区域的功能侧重。顶叶区主要影响武器系统，包含伤害、射程和冷却时间等加成；颞叶区专注防御能力，提供护盾抗性和容量强化；额叶区涉及能量管理，强化能量上限和节能技术；枕叶区则提升机动性能，包括加速和机动性强化。
