故事发生在2047年，地球被神秘的泰伯利亚矿侵蚀，分为蓝区、黄区和红区。GDI忙着治理环境，而Nod兄弟会在凯恩的领导下暗中壮大，准备发动第三次泰伯利亚战争。游戏一开始，凯恩就用核弹炸毁了GDI的指挥中心费城太空站，让无能的财政部长波义耳稀里糊涂接管了GDI。
咱们要帮Nod在美国、埃及和巴西展开行动。在巴西的泰伯利亚武器工厂任务中，姐妹会的基莲将军独断专行，结果被伪装成她的埃里克西亚偷袭。完成任务后，凯恩让咱们撤退，GDI指挥官却误以为彻底消灭了Nod。波义耳沾沾自喜，但泰伯利亚武器的爆炸引发了东欧的灾难，无数平民遭殃。这时，外星种族思金人突然出现，认为地球的泰伯利亚已经成熟，开始收割人类。
面对外星入侵，GDI和Nod一开始被打得措手不及。凯恩重新现身，命令咱们撕毁与GDI的临时协议，用偷来的核弹攻击他们，并处死了基莲。在欧洲战场，GDI指挥官发现了思金人的弱点，开始用声波武器反击。思金人意识到被凯恩欺骗，决定撤退，并建造阈限之塔准备跑路。咱们的任务变成阻止他们，同时偷取GDI和思金人的科技。
最后阶段，凯恩派咱们夺取塔西佗，但埃里克西亚因恐惧人工智能而向LEGION注入病毒并自杀。GDI抢回塔西佗，思金人部队自爆，Nod控制了19号阈限之塔。根据选择不同，波义耳要么升官发财，要么辞职谢罪，而凯恩对结果非常满意，邀请咱们加入他的核心圈。整个剧情充满阴谋与反转，每一步选择都影响结局。
