变化洞窟位于卡拉卡拉山脉或七岛中的六之岛，具体位置需从岔路口向上走，穿过虫系森林后向北渡海，遇到火箭队小兵后即可到达入口。洞窟内部结构会随进入次数和时间动态变化，需携带破坏光束、岩石封锁等技能应对障碍，同时准备超级球、解毒药等道具。队伍建议配置多属性精灵以应对不同敌人，超音蝠是洞内最常见的野生宝可梦。
探索时需实时观察路线变动规律，用标记物记录已探索区域避免重复。部分区域存在限时挑战或隐藏通道，需利用技能如闪光术照明或一字斩开路。若遇到NPC训练家或研究员，对话可能提供路线线索。注意洞内机关与高等级野生宝可梦的战斗消耗，建议优先解决岩石封锁固定的路径以降低后续探索难度。
洞窟设计初衷包含通过E卡刷卡器捕捉特殊宝可梦的机制，但因功能取消导致部分区域无实际用途。若发现空置区域，可判定为原定的配信活动未实装。在六之岛版本中，变化洞窟与主线剧情无直接关联，仅作为隐藏挑战点存在。
通关核心在于耐心记录每次路线变化的逻辑，并合理分配道具。退出洞窟后重置变化状态，需重新适应布局。最终出口通常连接山脉另一侧或岛屿海岸线，完成后无特殊奖励，但可作为队伍练级场所。
