击败肉山后，游戏将永久进入困难模式，世界会发生显著变化。首先需要使用肉山掉落的神圣之锤破坏恶魔祭坛或猩红祭坛，每次破坏会随机生成新矿石（钴蓝/钯金、秘银/山铜、精金/钛金），这是后续装备强化的基础。破坏祭坛后，腐化/猩红与神圣之地会加速蔓延，需提前用隔离带控制扩散。应优先挖掘新矿石制作钻头和盔甲，钴钻头能高效开采高阶矿物，而钛金套或精金套能大幅提升生存能力。
进入困难模式后，地牢、丛林等区域的怪物强度显著提升，建议在探索时携带生命果和魔力水晶以提升属性上限。神圣之地会生成独角兽、七彩草蛉等新敌怪，击败它们可能掉落光明之魂等合成材料。地下腐化/猩红区域会刷新强大怪物，需谨慎应对。此阶段的核心目标是收集材料制作机械召唤物，用于挑战新三王（机械蠕虫、机械骷髅王、双子魔眼）。
击败任意机械BOSS后，丛林会开始生成世纪之花的花苞，需用镐挖掘触发战斗。世纪之花掉落神庙钥匙，用于开启丛林神庙获取最终装备材料。此阶段建议搭建多层平台作为战斗场地，并备足治疗药水与增益药剂。击败世纪之花后，地牢会刷新更强大的敌人，如骷髅法师和圣骑士，击败它们可获取高级武器和配件，为后续四柱事件做准备。
最终阶段需击败拜月教邪教徒以触发天界事件，四根天界柱会分别对应不同职业的强化装备。按顺序摧毁四柱后，月球领主将被召唤，这是当前版本的最高难度挑战。战斗前需确保装备已优化至顶级，如日耀套、星旋机枪或星尘龙杖等。击败月球领主后，游戏主线内容基本完成，玩家可转向自由建造或全收集目标。困难模式的核心逻辑是矿石升级—装备强化—BOSS挑战的循环，需注意资源管理和战斗策略的平衡。神圣与腐化/猩红的蔓延虽不可逆，但可通过环境改造枪或隔离带控制影响范围。
